כיום, ידוע כי ההפרעה הדו-קוטבית היא מחלה ביולוגית, בעלת מרכיב תורשתי, ולכן הטיפול בה יהיה בראש ובראשונה ביולוגי, באמצעות תרופות "מאזנות מצב רוח". אחת התרופות הראשונות הייתה ועודנה – מלח הליתיום. עם זאת, כיום ישנו מגוון של תרופות נוגדות כפיון (אנטי אפילפטיות) הנחשבות כיעילות במניעת הגלים וההתקפים האפקטיביים, תרופות כגון: ולפורל (דפאלפט), טגרטול, למיקטל ואחרות. קבוצה נוספת של תרופות יעילות הנה תרופות נגד פסיכוזה (הלידול, פרפנן, זיפרקסה, ריספירדל, סרוקוואל ואחרים), תרופות אילו יעילות גם כמאזנות וגם כמסייעות בטיפול במצבים פסיכוטיים שיש לעיתים לחולים במאניה, כמו מחשבות השווא של גדלות, כוח, דת, עושר ועוד.

 
מטופלים אשר לא הגיעו לנסיגה מספקת של המחלה נעזרים בתרופה שנקראת לפונקס, ובמצבים אחרים שאינם מגיבים לטיפול, גם בנזע חשמלי. במחלה זו, בדרך כלל רצוי להימנע משימוש בתרופות נגד דיכאון, אם כי לפעמים יהיה צורך להוסיף אותם יחד עם תרופות אחרות.  בעת החרפה (כאשר המטופל לא מאוזן והמחלה פעילה), בדרך כלל ייעשה שימוש במספר רב יותר של תרופות ו/או במינונים גבוהים יותר.

עם החזרה לאיזון ("רמיסיה"), יצומצם הטיפול למינימום הדרוש על מנת למנוע התקפים נוספים. המחלה מצריכה טיפול ומעקב מתמשכים, ולעיתים, בתקופות החריפות יותר, בהן אדם עלול לסכן את עצמו או את סביבתו, מחייבת גם אשפוז.

 
טיפול תרופתי הנו הכרחי בהתמודדות מוצלחת עם המחלה אך ניתן לשלב התערבויות פסיכולוגיות – פרטניות, זוגיות, או משפחתיות. לרוב הטיפול הפסיכולוגי מתמקד בהבנת המחלה והטיפול בה, דרכים להתמודדות עם לחצים וארגון חיים בריאים ומלאים למרות המחלה (כגון: תעסוקה, חיי משפחה, זוגיות, הורות). פסיכולוגית המרפאה מעורבת בתוכניות שיקום, פניות לביטוח לאומי וכו', בסיוע צוות העובדים הסוציאליים במרפאה הכללית במרכז.

צוות המרפאה עושה כמיטב יכולתו על מנת להעניק סיוע כוללני לכל מטופל.

 
כיום, מספקת המרפאה טיפול לכ- 200 מטופלים, בני 18 ומעלה, אשר אובחנו כסובלים מהפרעה דו-קוטבית, ומוכנים לשתף פעולה בטיפול ובמעקב. (במקרים מסוימים, מתקבלים גם מטופלים של רופאים פסיכיאטרים אחרים, לטובת התייעצות או קבלת חוות דעת נוספת (נדרשת הפנייה).

נוסף לפעילותה, משמשת המרפאה כמקום למידה נוסף למטפלים ולסטודנטים לרפואה, סיעוד, ופסיכולוגיה, וכן כמקום מחקרי: המטופלים מוזמנים להשתתף במגוון מחקרים (אשר לטובתם יתבקשו להסכים לביצוע בדיקת דם, מילוי שאלונים וכו'), כל זאת ועוד במטרה לשפר את איכות הטיפול במטופלים.