מחלקת משאבי אנוש במרכז לבריאות הנפש באר שבע עוסקת בטיפול בפרט, משלב המועמדות לעבודה בבית החולים ועד לפרישה לפנסיה כולל, וכן בנושאי מדיניות ובקרה בתחום משאבי אנוש בבית החולים. המחלקה אמונה על: 

• גיוס, מיון והשמה של עובדים חדשים.
• ניהול הערכת עובדים.
• ניהול נוכחות עובדים.
• ניהול מכרזים, מבחני מיון וכניסה לשרות.
• טיפול במערך השכר על־פי הסכמים וחוקי עבודה.
• יישום הסכמי עבודה ושכר.
• פיתוח מיומנויות מקצועיות ואישיות של העובדים והמנהלים.
• טיפול בעובדים הפורשים לגמלאות.
• פעילויות רווחה לעובדים כגון: ימי גיבוש, טיפול בהלוואות מצוקה, סיוע והכוונה, עזרה ותמיכה בעובד.
• טיפול בפרט,  קידום, דרגות, פרמיות, ניידות , כוננויות שכר וכו'.
• הערכות כוח אדם לשעת חירום.
• גיוס והשמת בנות שירות לאומי ואוכלוסיות מיוחדות.
• התאמת מבני התקן לצרכי המרכז.
• ניהול תקציבי שכר.
• טיפול בעובדים מול גורמי חוץ: נציבות, משרד הבריאות, חטיבת ביה"ח  ומשרדי ממשלה שונים.

המחלקה מטפלת בכ - 730 עובדים וגמלאים הכוללים: 

• כ - 630      עובדי המרכז לבריאות הנפש.
• כ-  100      גמלאים.