בראש המרכז לבריאות הנפש בב"ש, מאז שנת 2021 עומד מנהל רפואי,פרופ' דורון תודר. 

פרופ' תודר הנו פסיכיאטר מומחה, ומרצה בכיר באוניברסיטת בן גוריון.  

מנהלת לשכת המנהל וסגנו, הינה הגב' אפרת מויאל.

המנהל האדמיניסטרטיבי של ביה"ח, הינו מר רונן בן אור.

מנהלת לשכת המנהל האדמיניסטרטיבי, הינה הגב' שרון מילר.

הנהלת המרכז המורחבת כוללת בתוכה,  את מנהלי הסקטורים המקצועיים השונים: סיעוד, עבודה סוציאלית, פסיכולוגיה, הדרכה מקצועית, וכן מנהל משאבי אנוש, ומנהל מחלקת הכספים.

ההנהלה המורחבת מקיימת פגישות עבודה  ודיון קבועות. פורום זה דן בסוגיות ניהוליות ומקצועיות שוטפות, נקבעת מדיניות, נלקחות החלטות מקצועיות בתחומים השונים הנוגעים לעבודה המקצועית והניהולית של המרכז.
בבית החולים קיימות כעשר מחלקות ויחידות,  בראש כל מחלקה עומד רופא, שהנו מנהל המחלקה וכן אחות שהנה אחראית במחלקה.