מחלקת הנוער במרכז לבריאות הנפש באר שבע מספקת שירותי אבחון וטיפול לבני נוער בגילאים 12-18, רובם תושבי הדרום. חלק גדול מן הצעירים מגיע בעודם לוקים בהפרעה נפשית, מחלה נפשית אשר לא אובחנה היטב או שלא אובחנה כלל בעבר.
במחלקה 20 מיטות אשפוז ו-5 מיטות המיועדות לאשפוז יום, כאשר דרגת החופש במחלקה משתנה בהתאם למצבו הקליני של כל מטופל ומידת הצורך בהשגחה. כמו כן פועל בסמוך למחלקה חדר מיון לילדים ונוער 24 שעות ביממה. בנוסף, מבצעת המחלקה הסתכלויות ובדיקות עבור בית המשפט לצורך הגשת חוות דעת משפטית.

 
הטיפול במחלקה ניתן לכלל אוכלוסיית בני הנוער הנזקקים לטיפול, מכל רבדי החברה כאשר ניתנת התייחסות להיבטים ההתפתחותיים, חברתיים, דתיים ותרבותיים.