המחלקה לאשפוז יום במרכז לבריאות הנפש באר שבע הינה יחידה לאבחון ולטיפול אינטנסיבי. המחלקה מיועדת למטופלים אשר נמצאים במצבי מצוקה ומשבר אשר מצריכים ליווי וטיפול משמעותי, אך אינם כרוכים באשפוז מלא. המחלקה לאשפוז יום מצמצמת את משך האשפוז המלא, ומסייעת בחזרה הדרגתית למהלך חיים שגרתי עבור מטופל שהשתחרר מאשפוז או לחילופין, מסייעת במניעת אשפוז מלא ובשמירה על שגרת חיים הכרחית עבור מטופל במצב משברי או במצב של החרפה אשר מגיע מחוץ למרכז.