הפניה יכולה להתבצע על ידי כל גורם רפואי בקהילה (פסיכיאטר במרפאה לבריאות הנפש, רופא משפחה ממרפאה ראשונית, רופא מומחה, רופא ממשרד הביטחון ועוד), או הפנייה מכל גורם קהילתי אחר לדוגמה עו"ס מהלשכה לשירותים חברתיים, גורם פסיכולוגי חינוכי, מרכז שיקום, הוסטלים ועוד (במקרים אלו יש צורך להביא בנוסף הפניה מרופא המשפחה בקופה בה המטופל מבוטח).

לעיתים ההפניה למרפאה היא על פי חוק, צו שופט או הוראת פסיכיאטר מחוזי לטיפול מרפאתי כפוי. המשמעות היא שמטופלים מסוימים, מחויבים על פי חוק, בית משפט או פסיכיאטר מחוזי, להיות במעקב מרפאתי, בתאריכים שנקבעו להם, לקבלת זריקה ארוכת טווח או טיפול אחר שעליו הומלץ. לרוב מדובר במטופלים שאינם משתפים פעולה מרצונם החופשי, והפסקת הטיפול גוררת החרפה שבצידה קיימת מסוכנות פיזית ומידית לעצמו או לזולתו. טיפול מרפאתי זה בכפייה, נועד בחוק, למנוע מראש מצבי סיכון אלו.

הפנייה יכולה להתבצע גם ע"י מחלקות המרכז לבריאות הנפש, לגבי כל חולה אשר משתחרר, אך מתוקף אזור השייכות המרפאתית, שייך למרפאה זו. גם חולה אשר נבדק בחדר המיון, ולא נמצאה הצדקה לאשפוזו, יכול להיות מופנה בהמלצה לטיפול מרפאתי.